В 2000-х годах библиотека окончательно сформировалась как библиотечно-информационный центр, использующий самые современные средства и методы хранения и предоставления научной информации, активно привлекающий международные ресурсы.
С 2000 года НМБ как член Томского регионального информационно-библиотечного консорциума участвует в проектах Института «Открытое общество» Фонд Сороса. Россия:
— «Открытая электронная библиотека г. Томска», объединяющая информационные ресурсы 22 библиотек Томской, Тюменской областей;
— «Открытая электронная медицинская библиотека г. Томска», объединяющая ресурсы медицинского профиля на межрегиональном уровне совместно с библиотечными консорциумами Екатеринбурга и Челябинска.
В январе 2001 года при поддержке некоммерческой корпорации «Project Harmony. Inc.» в рамках программы «Обучение и доступ в Интернет», финансируемой Управлением Государственного департамента США, в библиотеке открыт Центр IATP, Центр открытого доступа к Интернет: Интернет-класс на 10 посадочных мест.
В течение 5 лет корпорация оказывала финансовую поддержку в организации и проведении на базе интернет-класса образовательных курсов для преподавателей, медиков, студентов, и различных социальных групп Томска и области.
В 2004 году сайт Центра IATP нашей библиотеки признан одним из лучших в России.
В 2001 году на базе библиотеки был организован редакционно-издательский отдел СибГМУ. В этом же году учрежден научно-практический журнал «Бюллетень сибирской медицины», который на сегодняшний день состоялся как авторитетное российское научное периодическое издание.
С 2001 года наша библиотека становится организатором межрегиональных тренинг-семинаров для специалистов медицинских библиотек России, где преподавателями выступают сотрудники НМБ СибГМУ. С этого времени НМБ начинает функционировать, как методический центр, для медицинских библиотек России и ближнего зарубежья. .
В 2003 году организован Сводный каталог распределенной аналитической росписи научных периодических изданий по медицине в рамках сотрудничества библиотек России, Белоруссии, Узбекистана. Ведется роспись медицинских журналов с предметизацией по MESH, реферированием статей, систематизацией по УДК.
С 2003 года впервые оформляется подписка на доступ к электронным версиям изданий компании «ЭБСКО» (США).
В 2003 году началось сотрудничество библиотеки с организацией «Некоммерческое партнерство «Национальный электронно-информационный консорциум» (НП «НЭИКОН»), которое до сих пор организовывает нам доступ к зарубежным информационным ресурсам по госконтрактам от Минобрнауки.
В 2003 году заключен договор с научно-исследовательским вычислительным центром МГУ им. М.В. Ломоносова на доступ к базе данных «Университетская Информационная Система Россия» — электронной библиотеке для исследований и образования в области экономики, управления, социологии и других гуманитарных наук. .
С 2004 года активизировалась работа межбиблиотечного абонемента — с внедрением электронной доставки документов (ЭДД) появилась возможность более качественного и оперативного обслуживания пользователей по МБА.
В 2006 года завершено строительство нового корпуса СибГМУ по адресу Московский тракт, 2/7, УЛК. Библиотеке выделено 850 кв. метров площадей, где разместился Библиотечно-информационный центр обслуживания студентов, а в биокорпусе был организован Центр гуманитарной литературы. Количество посадочных мест в читальных залах библиотеки в целом возросло с 80 в 1996 г. до 200 в 2001 г.
С 2008 года в рамках Программы развития электронной библиотеки РФФИ СибГМУ ежегодно получает доступ к полнотекстовым информационным ресурсам зарубежных научных издательств Wiley Blackwell, SpringerLink.
7 апреля 2009 года СибГМУ становится учредителем Некоммерческого Партнерства по содействию медицинским библиотекам «МедАрт». Сводный каталог распределенной аналитической росписи научных периодических изданий преобразован в базу данных «MedArt периодика».
Ежегодные тренинг-семинары приобретают новый формат научно-практической конференции. Было запланировано проводить их в разных городах России на базе медицинских библиотек.
Внедрение новых технологических решений и стандартов в организацию труда позволили в начале 2000-х годов совершенствовать библиотечное производство и процессы управления библиотекой, это помогло расширить перечень библиотечных услуг, и повысить их качество.
С 2000-х годов библиотека начинает генерировать собственные информационные базы данных:
— С 2000 года ведется база данных «Медицинские конференции» , содержащая информацию о медицинских мероприятиях, планируемых к проведению в России и за рубежом.
— В 2002 году начата работа над созданием полнотекстовой базы данных «Труды томских ученых-медиков». Сейчас в сети Интернет ресурс представлен базой данных «Электронная библиотека СибГМУ» , которая содержит электронные копии печатных изданий, преподавателей и научных сотрудников вуза, а также электронные копии диссертаций и авторефератов, защищенных в СибГМУ.
— С декабря 2006 г. реализуется проект «Медики России». В сети Интернет ресурс представлен Web-справочником «Медики России» .
В 2009-2010 годах в целях доступности через Интернет сервисных услуг библиотеки была проведена полная реорганизация сайта НМБ СибГМУ.
Были и серьезные нештатные ситуации … В 2002 году произошла авария водоснабжения в помещении книгохранилища научной библиотеки по пр. Ленина, 107. Абонемент научной литературы не работал с апреля по август.
Изменился в этом десятилетии и кадровый состав библиотеки. В ее структуре 9 отделов, 65 штатных единиц из них: руководители подразделений – 18%, главные специалисты (методисты, гл. библиографы, гл. библиотекари и пр.) — 22%, библиотекари – 60%.
90% сотрудников имеют высшее образование, 3 кандидата наук.
С 2003 года директор НМБ – Терехова Марина Валентиновна.
